1996 - 2005
1996 m. balandžio mėn. pristatytas visiškai naujas modelis Škoda Octavia. Po trejų metų pasirodė Škoda Fabia, o 2001-aisiais pristatytas naujas, prabangus, aukščiausios vidutinės klasės limuzinas – Škoda Superb. Gamyklos statytos Rusijoje, Kinijoje ir Indijoje.
1996
Mladá Boleslav mieste pagamintas milijoninis Škoda automobilis nuo bendros įmonės su „VW“ įkūrimo. Pristatytas Škoda Octavia. Ši antroji prekės ženklo gamybos serija atverė kelią įmonės sėkmei vėlesniais metais.
1998
Pirmą kartą Škoda per metus pagamino daugiau nei 400 000 automobilių, kurie eksportuoti į 70 šalių.
1999
Škoda pateko į automobilių sporto „World Rally Car“ (WRC) kategoriją. Frankfurto automobilių parodoje pristatyta visiškai nauja Škoda Fabia, o po metų ją papildė Fabia Combi.
2000
Škoda įkurė pirmąjį įmonės valdomą universitetą Čekijos Respublikoje Mladá Boleslav mieste: „Škoda Auto University“.
2001
Škoda Octavia RS laikytas greičiausiu šios markės automobilis. Tradiciniu pavadinimu Superb Škoda pristatė naują prabangų modelį, kuris atitiko istorinę aukštesnių klasių seriją nuo 1934 iki 1949 metų. Škoda atidarė savo pirmąją gamyklą už Europos ribų – Indijos mieste Aurangabade.
2003
Ženevos automobilių parodoje įvyko Škoda Fabia WRC premjera.