1996 m. balandžio mėn. pristatytas visiškai naujas modelis Škoda Octavia. Po trejų metų pasirodė Škoda Fabia, o 2001-aisiais pristatytas naujas, prabangus, aukščiausios vidutinės klasės limuzinas – Škoda Superb. Gamyklos statytos Rusijoje, Kinijoje ir Indijoje.
Mladá Boleslav mieste pagamintas milijoninis Škoda automobilis nuo bendros įmonės su „VW“ įkūrimo. Pristatytas Škoda Octavia. Ši antroji prekės ženklo gamybos serija atverė kelią įmonės sėkmei vėlesniais metais.
Pirmą kartą Škoda per metus pagamino daugiau nei 400 000 automobilių, kurie eksportuoti į 70 šalių.
Škoda pateko į automobilių sporto „World Rally Car“ (WRC) kategoriją. Frankfurto automobilių parodoje pristatyta visiškai nauja Škoda Fabia, o po metų ją papildė Fabia Combi.
Škoda įkurė pirmąjį įmonės valdomą universitetą Čekijos Respublikoje Mladá Boleslav mieste: „Škoda Auto University“.
Škoda Octavia RS laikytas greičiausiu šios markės automobilis. Tradiciniu pavadinimu Superb Škoda pristatė naują prabangų modelį, kuris atitiko istorinę aukštesnių klasių seriją nuo 1934 iki 1949 metų. Škoda atidarė savo pirmąją gamyklą už Europos ribų – Indijos mieste Aurangabade.
Ženevos automobilių parodoje įvyko Škoda Fabia WRC premjera.