1987 m. pradėta ilgai laukto visiškai naujo modelio Škoda Favorit gamyba. 1991 m. kovo mėn. įmonė užmezgė partnerystę su „Volkswagen“. Įmonė pervadinta į „Škoda“ – akcinė automobilių gamybos bendrovė.
Pradėta gaminti „Favorit“ modelių serija. Pereinant prie modernios koncepcijos – variklis priekinėje ašyje, priekiniai varantieji ratai ir kompaktiškas kėbulas su didelėmis penktosiomis durimis. Darbai buvo atlikti rekordiškai greitai. Elegantišką kėbulo dizainą sukūrė italų dizaineris Nuccio Bertone.
„Škoda Favorit“ buvo pristatyta rinkai ir sulaukė didelės sėkmės tiek Čekoslovakijoje, tiek užsienyje.
Po politinio režimo pasikeitimo 1989 m. įmonė pradėjo ieškoti stipraus užsienio partnerio, kuris padėtų pertvarkyti Škoda pagal rinkos ekonomikos sąlygas į tarptautiniu mastu konkurencingą bendrovę. 1990 m. gruodį Čekija pasirinko „Volkswagen“.
Škoda, automobilių a. s. pradėjo savo veiklą ir prisijungė prie VW, Audi ir Seat kaip ketvirtoji koncerno „Volkswagen“ markė.
Vyko nuolatinis gamybos kokybės gerinimo procesas, o visi „Škoda“ automobiliai aprūpinti vienataškėmis degalų įpurškimo sistemomis ir valdomais katalizatoriais.
Škoda Favorit modelį, pagaminus daugiau nei milijoną vienetų, pakeitė Felicia – pirmasis bendras modelis, sukurtas po susijungimo su „Volkswagen“. Iki 2001 m. įmonė pagamino daugiau nei 1,4 milijono Felicia automobilių.
Mladá Boleslav mieste padėtas pamatinis akmuo būsimo naujo vidutinės klasės Octavia modelio gamyklai.