1986 - 1995
1987 m. pradėta ilgai laukto visiškai naujo modelio Škoda Favorit gamyba. 1991 m. kovo mėn. įmonė užmezgė partnerystę su „Volkswagen“. Įmonė pervadinta į „Škoda“ – akcinė automobilių gamybos bendrovė.
1987
Pradėta gaminti „Favorit“ modelių serija. Pereinant prie modernios koncepcijos – variklis priekinėje ašyje, priekiniai varantieji ratai ir kompaktiškas kėbulas su didelėmis penktosiomis durimis. Darbai buvo atlikti rekordiškai greitai. Elegantišką kėbulo dizainą sukūrė italų dizaineris Nuccio Bertone.
1988
„Škoda Favorit“ buvo pristatyta rinkai ir sulaukė didelės sėkmės tiek Čekoslovakijoje, tiek užsienyje.
1990
Po politinio režimo pasikeitimo 1989 m. įmonė pradėjo ieškoti stipraus užsienio partnerio, kuris padėtų pertvarkyti Škoda pagal rinkos ekonomikos sąlygas į tarptautiniu mastu konkurencingą bendrovę. 1990 m. gruodį Čekija pasirinko „Volkswagen“.
1991
Škoda, automobilių a. s. pradėjo savo veiklą ir prisijungė prie VW, Audi ir Seat kaip ketvirtoji koncerno „Volkswagen“ markė.
1992
Vyko nuolatinis gamybos kokybės gerinimo procesas, o visi „Škoda“ automobiliai aprūpinti vienataškėmis degalų įpurškimo sistemomis ir valdomais katalizatoriais.
1994
Škoda Favorit modelį, pagaminus daugiau nei milijoną vienetų, pakeitė Felicia – pirmasis bendras modelis, sukurtas po susijungimo su „Volkswagen“. Iki 2001 m. įmonė pagamino daugiau nei 1,4 milijono Felicia automobilių.
1995
Mladá Boleslav mieste padėtas pamatinis akmuo būsimo naujo vidutinės klasės Octavia modelio gamyklai.